Năm 2009, các báo cáo cho rằng Kim Jong-un mắc bệnh nhân tiểu đường và bị cao huyết áp.[50][193] Ông cũng được biết là người hút thuốc lá.[194]

Kim Jong-un đã không xuất hiện trước công chúng trong sáu tuần vào tháng 9 và tháng 10 năm 2014. Truyền thông nhà nước đưa tin rằng ông đang phải chịu một "tình trạng thể chất không thoải mái". Trước đây Kim đã được nhìn thấy đi khập khiễng.[195] Khi Kim xuất hiện trở lại, hình ảnh cho thấy ông đang sử dụng một chiếc gậy đi bộ.[196]

Vào tháng 9 năm 2015, chính phủ Hàn Quốc đã bình luận rằng Kim dường như đã tăng 30 kg trong 5 năm trước đó, đạt tổng trọng lượng cơ thể ước tính là 130 kg.[197]

Vào tháng 4 năm 2020, một khoảng thời gian vắng mặt khác xuất hiện trước công chúng đã dẫn đến suy đoán về sức khỏe của Kim.[198] Kim đã vắng mặt vào Ngày Mặt trời, 15 tháng 4, ngày kỷ niệm sinh nhật của lãnh đạo Kim Nhật Thành, người sáng lập đất nước Bắc Triều Tiên, mặc dù Kim đã được nhìn thấy lần cuối bốn ngày trước tại một cuộc họp của chính phủ.[199] Daily NK báo cáo rằng Kim đã đến bệnh viện để phẫu thuật tim mạch vào ngày 12 tháng 4, nhưng theo báo cáo của CNN từ các cơ quan giám sát tình báo của Bắc Triều Tiên, đến ngày 21 tháng 4, tình trạng của Kim đã "nguy hiểm nghiêm trọng" sau cuộc phẫu thuật.[200] Hãng thông tấn Yonhap của Hàn Quốc đã báo cáo khi trả lời những câu chuyện này rằng "không có dấu hiệu bất thường nào được phát hiện" liên quan đến sức khỏe của Kim.[201] Reuters đưa tin rằng Trung Quốc đã cử một nhóm bác sĩ vào ngày 25 tháng 4 tới Bắc Triều Tiên để theo dõi tình trạng của Kim.[202] Cố vấn chính sách đối ngoại của Hàn Quốc Moon Chung-in đã đưa ra một tuyên bố vào ngày 26 tháng 4 rằng "Kim Jong-un vẫn còn sống và khỏe mạnh. Ông đã ở lại khu vực Wonsan kể từ ngày 13 tháng 4. Cho đến nay không có di động đáng ngờ nào được phát hiện. " [203]